วัดหนองแขมมีสถาปัตยกรรมที่สวยงามเป็นศาลาจตุรมุข ตั้งอยู่กลางน้ำ ส่วนพระวิหารหลวงพ่อโตซึ่งเป็นพระอุโบสถหลังเก่า หน้าบันระบุศักราช พ.ศ. 2413 เป็นพระอุโบสถขนาดเล็กฝีมือแบบช่างพื้นบ้าน ภายในพระอุโบสถปรากฏภาพจิตรกรรมฝาผนัง สิ่งศักดิ์สิทธิ์ในวัด มีรอยพระพุทธบาทจําลองประดิษฐานในมณฑป โดยมีการจัดงานปิดทองรอยพระพุทธบาทจำลองนี้ในช่วงเดือนสามของทุกปี พระสังกัจจายน์หรือหลวงพ่อโต[2] ยังมีรูปหล่อพระครูวิทยาวรคุณ (หลวงพ่อพร) ขนาดเท่าองค์จริง ซึ่งคณะศิษยานุศิษย์ได้ร่วมกันสร้างขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2468